Phòng thí nghiệm phục vụ cho việc giảng dạy và nghiên cứu được trang bị đầy đủ dụng cụ, thiết bị và đảm bảo vận hành an toàn: Phòng thí nghiệm vi sinh môi trường, PTN Phân tích Môi trường, Phòng TN khoa học đất, Phòng TN Kiểm soát ô nhiễm không khí, PTN chất thải rắn, PTN ICP,…

Trong năm 2021 Viện có kế hoạch xây dựng phòng thí nghiệm mô phỏng Quản lý Đất Đai (bao gồm khu vực máy tính thực hành GIS-RS, khu vực thực hành bản đồ, khu vực mô phỏng văn phòng đăng ký đất đai)